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沙眼衣原体不仅可致眼部感染，而且可引起生殖泌尿系统感染、性病淋巴肉芽肿以及其他器官疾病。近年沙眼衣原体的感染率和危害性已超过淋球菌，而居性传播疾病之首。

沙眼衣原体有沙眼生物变种、性病淋巴肉芽肿生物变种(LGV)和鼠生物变种等3个生物变种。

沙眼：由沙眼生物亚种A、B、Ba和C血清型引起。主要通过眼-眼或眼-手-眼途径直接或间接密切接触传播。由结膜引起局部炎症。有滤泡增生

包涵体结膜炎：由沙眼生物亚种B、Ba、D、Da、E、F、G、H、I、Ia、J、K等血清型引起。包括婴儿及成人两类。婴儿通过产道感染，引起泡涵体结膜炎和婴幼儿肺炎。

泌尿生殖道感染：主要由沙眼生物亚种D-K血清型引起，是经性接触传播引起的非淋菌性泌尿生殖道感染的主要病原。衣原体感染是男性尿道炎最常见的病因之一。未经治疗者多数转为慢性，周期性加重，或可合并附睾炎、前列腺炎等。在女性可引起尿道炎、宫颈炎、阴道炎、盆腔炎，也可与妇女不孕症有关。衣原体常与淋病奈球菌混合感染，淋病奈球菌对衣原体的繁殖起激活和促进作用。

性病淋巴肉芽肿：由沙眼衣原体LGC生物亚种L血清型引起性病淋巴肉芽肿，主要通过性接触传播。侵犯腹股沟淋巴结，引起化脓性腹股沟淋巴结炎和慢性淋巴肉芽肿为特征的性病，又称第四性病。主要侵犯淋巴组织，女性以累及会阴、肛门、直肠及盆腔淋巴结多见，男性以累及腹股沟淋巴结为常见，发生化脓性炎症和慢性肉芽肿，有些可形成瘘管。

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